Навигация по сайту
На Главную 1 семестр 2 семестр 3 семестр Здесь будут другие семестры Обо мне Официальный сайт ФББ МГУ
Исходные .ab1 файлы: Прямая и Обратная цепи
Результат в fasta формате: Прямая и Обратная цепи
Проэкт в JalView96 нуклеотид прямой цепи. Пик тимина не опознавался из-за пика гуанина, который, несмотря на свою высоту является шумом, т.к. заметно смещен относительно остальных пиков и имеет несколько аналогов меньшей величины (между 99 и 100 тимином). В комплементарной цепи этот нуклеотид имеет номер 14 и однозначно является тимином.
400 нуклеотид прямой цепи. Пик гуанина 400 аномально низок по сравнению с соседними пиками и имеет близкий по высоте пик аденина. Но на обратной цепи соответствующий пик 318 высок и не имеет альтернатив.
49-52 нуклеотиды обратной цепи. И пик цитозина и пик тимина выглядят как одиночные, хоть и широкие пики, что заставило усомниться во вставке 2 нуклеотида в каждый пик. На прямой цепи соответствующие нуклеотиды имеют номера 131-134 и однозначно интерпритируемые сигналы, так что решение программы было оставленно без изменений.
107 нуклеотид обратной цепи. Сигналы четырех последовательных тиминов слилий, и последний из них не опознавался, т.к. отстоял от них. На прямой цепи этот участок прочитался лучше, и проблемный Тимин (номер 189) выглядит однозначно
В глаза бросается наличие нескольких очень высоких пиков. Это может быть вызвано неаккуратным нанесением краски или наличием побочного продукта. Пики нечеткие и находятся на случайном расстоянии друг от друга, это также можно обЪяснить наличием побочных продуктов или остатков реагентов.